Już w XIX w. Sejny były ważnym ośrodkiem szkolnictwa. Istniało tu gimnazjum wojewódzkie, a w okresie międzywojennym prywatne Gimnazjum Ogólnokształcące Kurii Biskupiej w Łomży im. św. Kazimierza, zlokalizowane w pomieszczeniach klasztornych. W 1945 r. zostało reaktywowane jako państwowe Liceum Ogólnokształcące. Po II wojnie światowej powstała w Sejnach również szkoła zawodowa. Początki istnienia szkolnictwa zawodowego sięgają daty 2 kwietnia 1946 r. W tym dniu otwarto Publiczną Dokształcającą Szkołę Zawodową. 26 czerwca 1950 r. szkołę opuścili pierwszych 16 absolwentów.
Przez 20 lat szkoła mieściła się w barokowym zespole klasztornym. 10 października 1970 r. do użytku przekazano nowy obiekt, z którego korzystamy do dzisiaj. 1 września 1971 r. powstało 5-letnie Technikum Mechanizacji Rolnictwa i Zasadnicza Szkoła Mechanizacji Upraw Polowych. W środowisku zaistniała potrzeba dokształcania dorosłych, chcących podwyższać swoje kwalifikacje zawodowe. Wychodząc naprzeciw tym potrzebom, w 1974 r. utworzono 3-letnie Zaoczne TMR na podbudowie ZSZ, a rok później – stacjonarne. W 1976 r. utworzono 3-letnie Wieczorowe Technikum Rolnicze.
Lata 70. XX wieku cechował dynamiczny rozwój szkoły. Wzrosła liczba klas i powstających szkół. Spowodowane to było wyżem demograficznym oraz potrzebą kształcenia w istniejących specjalnościach mechanizacyjnych i rolniczych. Apogeum stanu liczebnego szkoła osiągnęła w roku szkolnym 1976/77, kiedy to w ówczesnym Zespole Szkół Rolniczych pobierało naukę 1111 uczniów i słuchaczy. Opuszczający szkołę absolwenci bez trudu znajdowali zatrudnienie, zarówno w sektorze rolnictwa, jak i poza nim. Uczniowie w tym okresie odnosili znaczące sukcesy.
Kryzys społeczno-polityczny i gospodarczy w początkach lat 80. nie ominął również ZSR. Ogólna liczba uczniów od 1984 r. utrzymywała się w granicach ok. 400. Mimo złożonej sytuacji społeczno-gospodarczej i politycznej, szkoła nadal się rozwijała i doskonaliła proces dydaktyczno-wychowawczo-opiekuńczy. W 1987 r. powstało Liceum Zawodowe o specjalności wiejskie gospodarstwo domowe, szkolące – jak żartobliwie mówiono – „żony dla rolników”.
10 listopada 1994 r. Zespołowi Szkół Rolniczych w Sejnach nadano sztandar i imię Stanisława Staszica – twórcy szkolnictwa zawodowego w Polsce. W 1996 r. powstało 5-letnie Technikum Żywienia i Gospodarstwa Domowego, a w 1999 r. otwarto Liceum Techniczne o profilu ekonomiczno-administracyjnym. Wejście w kształcenie ustawiczne pozwoliło na rozszerzenie oferty edukacyjnej dla środowiska, zarówno w postaci szkół stacjonarnych, jak i różnych dodatkowych form kursowych. Od września 2002 r. szkoła zmieniła nazwę na Zespół Szkół Techniczno-Rolniczych, utrzymując nadal w swojej strukturze kształcenie ustawiczne. Od 15 lipca 2004 r. funkcję dyrektora ZSTR w Sejnach objął mgr inż. Henryk Wiesław Wydra. 1 stycznia 2008 r. organem prowadzącym zostało Ministerstwo Rolnictwa i Rozwoju Wsi.
1 września 2009 r. szkoła zmieniła nazwę na Zespół Szkół Centrum Kształcenia Rolniczego im. Stanisława Staszica. Obecnie kształci 250 uczniów i 70 słuchaczy w zawodach: technik mechanizacji rolnictwa, technik żywienia i usług gastronomicznych, technik rolnik, technik agrobiznesu, technik turystyki wiejskiej, technik architektury krajobrazu, mechanik-operator pojazdów i maszyn rolniczych i kucharz. W ramach Zespołu funkcjonują trzy typy szkół: Technikum, Zasadnicza Szkoła Zawodowa, Szkoła Policealna, a także kursy kwalifikacyjne dla dorosłych. Uczniowie uczestniczą w projektach unijnych i szkoleniach, podczas których zdobywają nowe kwalifikacje (kurs carvingu, barmański, baristy, spawacza, prawa jazdy, obsługi programów komputerowych Subiect, AutoCad, Dietetyk), odbywają praktyki zawodowe w kraju i za granicą. ZSCKR w Sejnach posiada nowocześnie wyposażone pracownie lekcyjne i do nauki zawodu, zdobyła certyfikaty: Bezpieczna Szkoła, Szkoła z Klasą i Przyjazna Szkoła. Do dyspozycji młodzieży są pedagog i psycholog szkolny oraz doradca zawodowy. W ramach zajęć pozalekcyjnych działa m.in. drużyna koszykówki, piłki ręcznej, koło fotograficzno-filmowe, gazetka szkolna „Małpiszon”, zespół wokalny, Klub Historyczny im. AK, wolontariat, mażoretki, koło cukiernicze Kraina Słodkości. Młodzież realizuje się, biorąc udział w konkursach i olimpiadach. ZSCKR w Sejnach to szkoła przyszłości, której absolwenci bez trudu odnajdują się na rynku pracy.
